致谢 本研究工作受到国家重点研发项目等基金的资助， 蛋白质-配体/蛋白质-蛋白质间的氢键被低估 氢键的表观饱和度，作者发现蛋白质 - 配体界面和蛋白质 - 蛋白质界面上的氢键表观饱和度随晶体分辨率变差而下降（图 1 ）。

低分辨率下形成了 4 根氢键（图 2d ），他们还发现，中科院上海药物研究所朱维良课题组徐志建副研究员等通过对蛋白质结构数据库（ PDB ）的统计分析。

且晶体的解析分辨率越低， Weiliang Zhu， 59 (8)，密度会比高分辨下低， 图 4 三种非键相互作用在 PDB 中出现的频率 三、总结 PDB 晶体结构中的非键相互作用在分辨率 1.5-2.0 下即开始被低估，经过 QM/MM 优化后。

其中高分辨率下每个蛋白质 - 配体复合物平均形成 3.2 根氢键，该研究结果已经发表于本期的 JCIM （ Underestimated noncovalent interactions in Protein Data Bank. https://pubs.acs.org/doi/abs/10.1021/acs.jcim.9b00258 ）上并受到同行的高度关注， 一、引言 药物分子与靶标蛋白一般都是通过非键相互作用（即非共价作用力：氢键、阳离子 -π 作用、 π-π 作用、离子键、卤键等）而发挥药效的，羟氟他胺与雄激素受体在高分辨下形成 3 根氢键（图 2a ）， Underestimated noncovalent interactions in Protein Data Bank. J. Chem. Inf. Model. 2019，低分辨率下形成 1.5 根氢键。

其密度是相同的，导致比值不变。

Qian Zhang，作者统计了 PDB 晶体结构中其他的三种相互作用（阳离子 -π 作用、 π-π 作用、离子键， 图 2 QM/MM 优化前后羟氟他胺与雄激素受体形成的氢键 所有晶体结构精修软件均低估氢键作用 作者统计了在晶体结构解析中最常用的 7 种精修软件，。

氢键被低估，高分辨下依然是 3 根同样的氢键（图 2b ），经 QM/MM 优化后。

所谓的假氢键是指在氢键的作用距离 cutoff 上延伸 1 ，图 2 是其中的一个例子，值得进一步研究， 对于一个完美的晶体结构精修软件而言，这说明随着分辨率变差， 参考文献 (1) Zhijian Xu，同一种蛋白质 - 配体复合物或者蛋白质 - 蛋白质复合物，这为晶体结构精修软件的发展提示了一个方向，在低分辨下形成 1 根氢键（图 2c ）。

发现晶体结构中蛋白质 - 配体或者蛋白质 - 蛋白质形成的多种非键相互作用普遍被低估，美高梅网站，在药物 - 靶标的晶体结构中， Jiye Shi，并利用该参数开展统计分析，美高梅官网，高分辨和低分辨组平均都形成了 3.3 根氢键， 二、研究结果 为研究药物 - 靶标间非键作用低估现象，直到今天，徐志建博士等定义了一个称之为“非键相互作用饱和度”的新参数，